El castillo de San Fernando tiene dos contraguardias iguales y simétricas: la de San Juan, con objeto de proteger el baluarte de San Dalmacio; la de San Pedro, para proteger el baluarte de San Felipe.

Ambas contraguardias son iguales excpeto en que la de San Juan tiene una cisterna en su gola y la de San Pedro no la tiene. Ambas cuentan con bpovedas para el alojamiento de su guarnición.